Rの考え方

Rの個人研究・考察を行うブログ。最近は因果推論とアナリティクス(機械学習、統計はお休み中)、認知論にお熱。

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大学院は実験を2年ずっと続けていた その例

投稿日:2014年9月24日 更新日:

大学4年終わりの頃、私に割り振られたある遺伝子。(掛け持ち2つめでした)

他の人に割り振られた遺伝子は簡単(1st~2nd、プライマー4つ以内)に単離されていくのに、
なぜか私のモノは一向に単離できない。

3ヶ月くらいで後半が単離できた!これはいける!

・・・と思って2年経ちました。

予想配列が間違っているのは以前の知見&試験からわかっていたんですが、そうは言っても全く・・・増えない。
「シュード(存在しない)遺伝子か?」とも疑われました。(主に先生に)

RACEという特殊な方法で何度もやって、たまたま3rd PCRで拾えた前方の配列。
同じ染色体上にあるけど、配座が10万以上前にあるんですがコレは・・・。

遺伝子増幅の時に偶然混入するモノもあるので、そんなもんかなーとその配列を眺めていた所、なんかおかしい。
配座上に予想されている遺伝子配列と、見つけた遺伝子の後端が違う。

まさかなーと思って、後端の配列を以前単離できた配列の先端に合わせてみる。
ピッタリ合った。

こんな感じで「前、後ろの配列の単離ができたんで全長もいけるおwwwwww」と思ったらここでもまた詰まった。
いろいろ探ってみると「どうやら元々遺伝子の存在量がすごく少ない」らしい。
貴重な(ほとんど作れない)濃度の高いモノを鋳型にしたらできた様子。

すごく時間かかりますねコレは・・・。
キメラ配列と遺伝子の存在量が少ない、抽出量が少ないと難しいのか。

やっとまともな修士論文が書けそうです。

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